מודל הלמידה בביה"ס אגמים הינו מנפלאות הבריאה לחדשנות ויזמות . כחלק מרעיון זה מובע בקיר הכניסה הרעיון המשלב בין העולם לבין חדשנות כאשר בחלון החללית מופיע כמין אקווריום של צמחיה . המודל בה לידי ביטוי בבחירת האלמנטים המינימליסטים המשפט "נשמה של יוצר"- לתת לכל תלמיד את יכולת הביטוי בעולמות התוכן השונים.